В деятельности НИИ Социальных Систем ключевую роль играет тесное взаимодействие с научными и академическими кругами МГУ имени М.В. Ломоносова, Российской академией наук, научными фондами и широким кругом ученых, экспертов и специалистов из различных областей знаний и сфер профессиональных компетенций.
Все это обеспечивает высокую степень оснащенности научно-прикладными разработками в области управления, массовых коммуникаций, конфликтологии, моделирования и прогнозирования социально-политических и экономических процессов.
Одним из ключевых направлений деятельности НИИ является поддержка решений и формирование оптимальных стратегий регионального социально-экономического развития с максимальной для государства выгодой.
Институтом разработана уникальная система, позволяющая обеспечивать и заданные социальные ориентиры и конкретные экономические результаты: рост ВРП, доходов бюджета, заработной платы, инвестиций в основной капитал, увеличения производительности труда, внешнеторгового оборота и доли инновационных товаров, работ и услуг.